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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出非常广泛的菌物灵活性，涉及到抗良性肿瘤和抗虫毒意义。常，三萜是使用甲羟戊酸条件获得的，并从天然冰值物和念珠菌中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学设计医学论文。该科学设计得知三萜类有机化合物虫草酸（GA）是采用粘液培育的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转换成会存在的。实现转录组和蛋清质组学枝术进那步探寻无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT会存在两大类灵芝粉粉酸（GA）的逻辑，并通过多个学枝术加测到的差别化表观遗传和差别化蛋清，得出DHT 怪物合并 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功效总类

利用对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体实施转录组测序共取到67230个转录本和142915个单什么是基因组遗传。在等等单什么是基因组遗传中，495个被鉴定费为差别的表示方式什么是基因组遗传（DEGs），中间213个表示方式调涨，279个表示方式变动（图1A）。GO生物学丰度概述后，DEGs构成生物学时候（BP）、内部化学物质（CC）和碳原子作用（MF）3类。在BP种类中，展现了前三子种类：抗菌素进行分解新陈分解率率时候，醋酸钠盐新陈分解率率时候和甲酸盐新陈分解率率时候;而在CC种类中，内部外区、突触分手后复合体、突触格局是前三亚类。针对于MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、腐蚀完美重现酶活力和酸氨（或酰胺）无线连接酶活力是前三亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG径路概述中，前30条生物学丰度度高达的径路中含27条是一种新陈分解率率，中间二氧化氮新陈分解率率、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈分解率率、丙酸盐新陈分解率率信号灯径路差异性生物学丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和功能模块分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄虫草白色念珠菌菌丝体做淀粉酶质组学酶联免疫法数据资料了解，共要判别了16,457种特色肽、2606种淀粉酶质和2588种酶联免疫法淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的需求生活条件下，来到2606种淀粉酶质中，94种被签别为对比数据资料了解呈现出来淀粉酶（DEPs），至少52种上浮，42种下跌（图2A），图2C屏幕上显现了对比数据资料了解呈现出来淀粉酶的聚类数据资料了解法酶联免疫法数据资料了解热图。从GO酶联免疫法数据资料了解一起来看，BP类屏幕上显现，大多都数DEPs参与活动乙酸盐消化吸收转化操作的期间、抗菌素确定化解消化吸收转化操作的期间和肿瘤药物确定化解消化吸收转化操作的期间。CC类DEPs在肿瘤肿瘤血细胞质外区、过硫化物酶体和微体中的身材比例为最快，硫化还原成酶催化化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）催化化学活化在MF类中DEPs的身材比例最快（图2B）。与转录组可是相近，KEGG通道酶联免疫法数据资料了解屏幕上显现，大量DEPs在消化吸收转化中含有，至少3条最含有的方式是光合动物中的碳固定的、碳消化吸收转化和MAPK数据资料信号通道（图2D）。虽然，完成酶联免疫法数据资料了解GO数据资料库的CC对DEPs做亚肿瘤肿瘤血细胞质浅析酶联免疫法数据资料了解和标注（图2E），DEPs最最主要的的生长在肿瘤肿瘤血细胞质质（40.66%）、肿瘤肿瘤血细胞质膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs动物分解成的最最主要的的角度。

图2|血清质组的按量概述和系统确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物应用和剖析组待选DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个异同展示人类遗传基因遗传（图3A）。对转录组和核蛋白酶质含量含量质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs做出聚类分享法分享，发现了mRNA和核蛋白酶质含量含量质互相有1五个调整人类遗传基因遗传和五个再降人类遗传基因遗传，DEGs与它翻译资料的DEPs展示技术呈正想关，基本概念Pearson的想关公式分享，在转录组和核蛋白酶质含量含量质组互相测试到对较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧最终最后现示，E组和C组15个DEGs的传达出来能力地域差异相关性，这之中9个为上浮DEGs，俩个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达出来市场需求与转录酚类化合物析最终最后不一样。

图3|蛋清质组的酶联免疫法定量分析和系统确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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